Malatesta, finché nel 1463 passa allo Stato Pontificio. Citerna agli inizi del Cinquecento (XVI-XVII sec.) è data in vicariato alla famiglia Vitelli di Città di Castello. Sotto la loro signoria inizia per il borgo il periodo di maggior splendore. I Vitelli sono dei condottieri, ma anche mecenati amici dei Medici: al loro servizio operano artisti quali Raffaellino del Colle, Donatello, Pomarancio, Signorelli, le cui opere arricchiscono il borgo. I Vitelli costruiscono nuovi edifici e mantengono la signoria sino alla fine del Seicento, secolo funestato dalle pestilenze del 1619 e del 1630. nel 1849 Citerna ospita Garibaldi durante il percorso di ritiro verso Ravenna. Nel 1860, prima tra tutte le città umbre, entra a far parte del Regno d'Italia.

Una terrazza sull’alta Valle del Tevere:
La collocazione di Citerna ne denota la caratteristica di fortilizio con funzioni di avvistamento dei flussi militari provenienti dalle terre circostanti, Romagna, Marche e Toscana, di cui l’Alta Valle del Tevere costituisce la confluenza naturale. Contesa ripetutamente per questa sua posizione strategica, conserva ancora nella cinta muraria, nei camminamenti medievali e nell’acropoli sovrastante il borgo, la memoria della sua ricca storia.

La particolare struttura edilizia, disegnata su due livelli urbanistici sovrapposti, si sviluppa nel sottosuolo con camminamenti, percorsi, volte e numerose cisterne di raccoglimento di acque piovane, costituenti un sistema complesso di reperimento idrico. L’acqua è l’altro elemento identificativo del borgo, presente al suo interno e nel territorio circostante come parte integrante di un paesaggio ancora incontaminato nei suoi profili collinari, resi immortali da numerosi artisti che ne hanno lasciato traccia nelle chiese: da Pomarancio a Donatello. Storia, arte e natura sono l’eredità di questi luoghi.

Il nucleo storico di Citerna è racchiuso dentro la cinta muraria, realizzata tra XIII e XIV secolo con due accessi principali: a sud Porta Romana e a nord Porta Fiorentina. Subito a ridosso della prima si sviluppa il Monastero di Santa Elisabetta, nella cui chiesa a forma esagonale si trova una Vesperbild, iconografia tedesca raffigurante una Pietà del XIV secolo.

Lungo il perimetro delle mura, sui lati est e ovest, si trovano i camminamenti medievali, con aperture a tutto arco perfettamente conservate. Dal corso principale si accede a Casa Prosperi – Vitelli, al cui interno si ammira il camino del XVI secolo detto degli Innamorati. Proseguendo, oltre l’ingresso del Palazzo Municipale si incontra la parte conventuale della Chiesa di San Francesco, confiscata alla Chiesa dopo l’unità d’Italia.

Un percorso dentro la storia
San Francesco è una chiesa-museo per il gran numero di opere d’arte che vi si conservano. Costruita nei primi decenni del Cinquecento, ha pianta a croce latina con nove altari riccamente decorati. Vi si trovano dipinti di Simone Ciburri, un affresco di Luca Signorelli e della sua scuola (1550 circa), una deposizione del Pomarancio, alcuni dipinti di Raffaellino del Colle e una collezione di paramenti sacri finemente lavorati in seta e oro

Nel transetto di sinistra si ammira un crocifisso ligneo di fattura bizantineggiante risalente alla fine del Duecento. Dietro l’altare maggiore si apre un maestoso coro ligneo in noce, realizzato nel XVI secolo e dotato di 25 scanni e di un monumentale leggio. Sopra il coro è collocata la Madonna con Bambino, recentemente attribuita a Donatello giovane. E’ una statua in terracotta policroma alta 110 cm, datata attorno al 1415, che arricchisce il piccolo museo della chiesa. Con un’altra scultura di scuola robbiana è attualmente in restauro a Firenze.
Proseguendo il cammino lungo il corso si arriva alla piazza principale, Scipione Scipioni, da cui si ammira in tutta la sua bellezza l’anfiteatro naturale che si stende ai piedi di Citerna: il bacino idrografico del Tevere e la corona appenninica che lo delimita come un enorme catino, dal monte de La Verna a nord ai Monti Sibillini a sud. Sulla piazza, la Torre civica reca un orologio a incastri meccanici in legno risalente al XVI secolo. Sulla leggera salita di fronte, svetta la facciata della Chiesa di San Michele Arcangelo, costruita intorno al 1680, che conserva al suo interno una bellissima Madonna con Bambino della scuola di Giovanni della Robbia, una pregevole Crocifissione su tavola (1570) con relativo altare ligneo del Pomarancio e una campana datata 1269.

Sulla parte orientale di questo antico nucleo di Citerna si apre la piazzetta del piccolo ma elegante Teatro Bontempelli, fatto costruire dalla famiglia Vitelli nel Cinquecento, ora recuperato alla piena attività. Sulla parte occidentale si erge invece la Rocca, la parte più antica del castello. Di origine longobarda (VII sec.), ricostruita nel XIV secolo, era l’antica residenza dei signori del luogo. Il bastione occidentale e il Torrione rotondo, divenuto simbolo del paese, completano il lato occidentale della cinta muraria.

Si comprende, ora, come il borgo sia costituito da due strutture urbane sorte in tempi diversi: l’acropoli, che è il nucleo originario del paese, e il burgus, aggiunto nel Duecento e dislocato lungo l’asse viario del corso principale. Dal punto di vista urbanistico abbiamo due livelli: uno corrispondente all’isolato incluso tra Porta Romana e Piazza Scipioni, l’altro consistente negli Ammassi, situati sotto l’ex convento di San Francesco, in cui sono stati recuperati spazi espositivi, camminamenti di grande suggestione e un complesso sistema di cunicoli sottostanti il corso principale. Qui si trovano alcune delle cisterne che danno nome al borgo. Si tratta di recipienti costruiti o scavati sotto terra per il recupero delle acque piovane. Ne sono state censite sette, ma è probabile che ve ne siano altre. La più importante, con una capienza di 450 metri cubi, è visitabile negli Ammassi dell’ex convento. ubito fuori le mura, nel versante occidentale, si trova anche un pozzo medievale profondo oltre 20 m.